Слишком сухой или наоборот, влажный изначальный продукт. 
Сюда же можно отнести недостаточную просушку продукта перед копчением.
Как следствие – продукт может снаружи покрыться корочкой, а внутри не прокоптиться или наоборот, получиться слишком сухой.

Некорректный выбор соли. 
Именно нитритная соль помогает избежать ботулизма и сохраняет красивый цвет конечного продукта.

Неправильно выбранная щепа. 
Нельзя использовать породы деревьев с большим содержанием природных смол, при копчении эти смолы будут активно выделяться вместе с дымом.

Плохое проветривание продукта после копчения.
Останется резкий запах копчения.

Коптить разные продукты одновременно в одной коптильне.
У разных продуктов - разное время и технологии приготовления, а также в таком случае не получится избежать чужеродных запахов.